FETÖ’nün ortaokul çağlarından itibaren öğrencilere nasıl yaklaştığı, askeri okullara nasıl eleman yerleştirdiği tanıkların açık beyanlarıyla işleniyor. Askeri okullara yerleştirilen öğrencilerin örgüt tarafından takip edilme süreçleri ve yöntemleri örgüt içerisinde faaliyette bulunmuş etkin pişmanlar tarafından anlatılıyor. “Mahrem” belgeselinde TSK’ya sızan FETÖ’cü subaylar ele alınırken; ortalama bireyin nasıl soğukkanlı bir katile, ahlaki kaidelerden sıyrılmış bir fedaiye ve bir casusluk şebekesinin kullanışlı piyonuna dönüşme hikâyesi aktarılıyor.